Po společenských změnách po listopadu 1989 se sportovní létání v naší zemi postupně vymanil z nepříjemného vlivu vojenských nařízení a pořádků. Majetek bývalého Svazarmu byl rozdělen. Aeroklub Brno–Medlánky se stal po jednání delimitační komise majitelem několika objektů v areálu letiště. To přineslo na jedné straně nutnost se o tento majetek postarat s péčí dobrého hospodáře, na straně druhé možnost s tímto majetkem naložit ke všeobecnému prospěchu aeroklubu. Na počátku podnikání v naší zemi bylo mnohdy obtížné se domoci dlužných částek, které po sobě zanechaly mnohé nepoctivé společnosti. Avšak během několika let se podařilo vytvořit dobré obchodní klima s několika firmami, kterým dlouhodobě Aeroklub Brno–Medlánky poskytuje své služby.
Novým problémem, který se objevil se samostatností aeroklubu, bylo uzavírání nájemních vztahů k pozemkům tvořícím letištní plochu. Protože ne všechny pozemky ve vlastnictví soukromých osob se podařilo bývalému krajskému aeroklubu vykoupit.
V roce 1992 byla část medláneckého letiště registrována z důvodu výskytu kriticky ohroženého sysla obecného jako Významný krajinný prvek Syslí rezervace (pozn. management údržby travního porostu spojený s údržbou letištní plochy je významný pro bezpečnost a přežití sysla obecného, v lokalitě medláneckého letiště žije jedna z nejvíce prosperujících kolonií tohoto kriticky ohroženého živočišného druhu, v roce 2014 byla lokalita zapsána mezi EVL NATURA 2000). Vyhlášení VKP Syslí rezervace se příznivě odrazilo na omezení intenzívní zemědělské činnosti, kterou argumentovali někteří majitelé pozemků v ploše letiště požadující vyčlenění a navrácení svých pozemků na Pozemkovém úřadě. Posílení stupně ochrany plochy letiště z důvodu výskytu kriticky ohroženého živočišného druhu do jisté míry blokuje také případné snahy o změnu územně plánovací dokumentace v této lokalitě a rozvoj výstavby v této části SZ města Brna. Fotografie sysla obecného od Františka Brablce zde.
Aeroklub Brno–Medlánky se ve spolupráci s Pozemkovým úřadem snažil provádět pozemkové úpravy na minimalizované ploše letiště. Současně se snažil získat jednotlivé parcely soukromých majitelů mimo minimalizovanou plochu.
V 90. letech 20. století létali členové aeroklubu se třemi větroni VSO-10 Vosa, s pěti L-13 Blaník a jedním Super Blaníkem L-23. Závodní „brusy“ doplňovala exotická Cobra 15. Letadlový park se rozšiřoval především o starší větroně. V roce 1991 se podařilo znovu zprovoznit větroň M-35 Orlík a po něm byly v roce 1993 zrekonstruovány dva větroně LG-125 Šohaj a VT-425 Šohaj, první z nich byl renovován za odborného dohledu Pavla Lanštiaka a Jiřího Hladíka. V roce 1994 k nim přibyly větroně M-28 Orlík a VT-109 Pionýr. Na podzim téhož roku skupina kolem společnosti K+L (Fiľakovský, Kupec, Loup) nechala opravit Orlíka VT-116. Také klubová VT-116 na sebe nenechala dlouho čekat. V roce 1997 společně vzlétly Šohaj ve vlastnictví Víti Hrdličky, VT-116 Vojtěcha Bartoše a VT-116 Jiřího Kupce a Ivana Fiľakovského. V roce 1998 se podařilo za nemalého sponzorského příspěvku Daneše Gruly restaurovat do letuschopného stavu opravdový unikát – větroň VT-130 Kmotr. V témže roce se aeroklubu podařilo získat čtyři VSO 10 Vosa. Na počátku roku 1999 rozšířil Daneš Grula pestrost medlánecké flotily soukromým větroněm ASV-15b vybaveným slušivými winglety. K vlečné Z-226 přibyl na počátku 90. let další letoun schopný vlekat větroně Z-142, na kterém byla provedena generální oprava díky poskytnutí reklamní plochy na křídlech a trupu. V neposlední řadě je nutno vyzdvihnout obětavou práci technika aeroklubu Michala Šťastného, který v této době dokázal udržet leteckou techniku ve vynikajícím stavu, navíc umocněném vždy pěkným povrchovým zbarvením. Líbivý kabát mnoha VSO-10 létajících v poslední době v aeroklubech celé České republiky je dílem Vladimíra Loupa.
V roce 1990 pořádal Aeroklub Brno-Medlánky ve dnech 9. až 23. 7. krajské plachtařské závody. Přes občasné medardovské vrtochy počasí se podařilo uletět sedm disciplín. Závod byl zpestřen napínavými dokluzy s příletem oblastmi rozsáhlých bouřek a odbahňováním orlíka kunovického závodníka, který přistál v ornici u letiště. Medlánečtí zástupci si vedli dobře. Jiří Kupec s velkými šancemi na medailové umístění skončil nakonec na 4. místě těsně sledován Gustavem Vrbackým, který skončil pátý. Sedmou příčku vybojoval Stanislav Kubíček, Michal Šťastný s M-35 skončil na 24. místě. V Hosíně se v termínu 30. 6. až 14. 7. 1990 uskutečnilo Plachtařské mistrovství republiky juniorů, na němž Ivan Fiľakovský vybojoval 8. místo, kam se před poslední disciplínou propadl z místa 2. Závodem století bylo v plachtařských kruzích označeno 19. mistrovství ČSFR, které se uskutečnilo ve dnech 21. 7. až 4. 8. 1990 ve Vrchlabí. Na těchto závodech byla z osmi disciplín vyhlášena a splněna třikrát disciplína v délce 500 km, čehož nebylo dosaženo v celé dosavadní historii československého plachtění nikdy předtím ani potom. Za medlánecký aeroklub zde startoval Gustav Vrbacký, který se umístil na 32. místě. Také 7. Pohár juniorů Moravy v Křižanově, který se létal ve dnech 28. 7. až 11. 8. 1990 na monotypu L-13/23 se může pochlubit neobvyklým úspěchem. V jeho průběhu byla vyhlášena a všemi 14 účastníky dokončena disciplína 300 km. Medlánečtí zástupci Jiří Slouka, který obsadil 13. místo a Jaroslav Zavřel ml., který skončil 14., si tak s sebou domů odvezli splněnou podmínku zlatého C. V celoročním hodnocení aeroklubů se Aeroklub Brno-Medlánky umístil na 6. místě.
Plachtařský podprůměrný rok 1991 přichystal pro medlánecké barvy v systému soutěží pouze dvě klání. Prvním z nich bylo Plachtařské mistrovství ČR ve Vrchlabí konané ve dnech 20. 7. až 3. 8. 1991. Po šesti letových dnech si vybojovali Gustav Vrbacký 26. místo a Stanislav Kubíček skončil 44. Tradiční Pohár juniorů konaný v Křižanově, jehož se zúčastnili Jiří Slouka a Jaroslav Zavřel ml., byl pro nedostatek odlétaných disciplín anulován. V Celostátní plachtařské soutěži jsme obsadili 5. místo.
V termínu 4. až 18. 7. 1992 se souběžně uskutečnily dva závody. Prvním z nich bylo Plachtařské mistrovství Moravy v Jihlavě, jehož se zúčastnil Jiří Kupec, který celkově skončil na 2. místě, když mu v poslední sedmé disciplíně jen těsně uniklo celkové vítězství. Druhou soutěží byl plachtařský přebor juniorů rovněž se sedmi odlétanými disciplínami, na němž Michal Šťastný vybojoval 10. místo. Posledním společným kláním plachtařů České a Slovenské Federativní Republiky se stalo Mistrovství ČSFR 1992 v Dubnici nad Váhom, kam se 18. 7. 1992 slétli nejlepší plachtaři k poslednímu federálnímu měření sil. Dojmy a zážitky po sedmi letových dnech s létáním nad Nízkými Tatrami, Velkou a Malou Fatrou a povážím vzaly za srdce každého milovníka slovenských hor. Gustav Vrbacký obsadil celkově 20. místo. Ve stejném období se uskutečnilo soustředění pilotů pokračovacího výcviku v Poličce, které se stalo doslova továrnou na stříbrné odznaky. Pět medláneckých pilotů zde splnilo podmínky pro udělení stříbrného C. Další splnili alespoň některou z nich. Dík patří instruktorům Jiřímu Klicnarovi a Vítu Hrdličkovi, kteří se během celého soustředění věnovali mladým pilotům a taky spoluorganizátorovi této akce Zbyňku Zdráhalovi. V Celostátní plachtařské soutěži se Aeroklub Brno-Medlánky umístil na 4. místě.
Rok 1993 nijak zvlášť nevynikal a co do počtu kilometrů nalétaných na přeletech jej můžeme srovnat s podprůměrným rokem 1991. Na Mistrovství Moravy v Jihlavě konaném ve dnech 3. až 17. 7. 1993 se po čtyřech disciplínách ve špatném počasí umístili Jiří Kupec na 4., Stanislav Kubíček na 5. a Gustav Vrbacký na 6. místě. V téže době pořádané Mistrovství republiky juniorů v Křižanově na L-13/23, jehož se účastnili Vojtěch Bartoš, Jindřiška Jónová a Jaroslav Zavřel ml., bylo závodem s nedostatkem bodovaných disciplín. Pilot Michal Šťastný se zúčastnil spolu s křižanovskými mladými piloty Dunajského poháru na letišti v rakouském Wiener Neustadtu a vybojoval zde 5. místo. České plachtařky se sešly v Jaroměři na svém mistrovství republiky. Radmila Fiľakovská zde vybojovala po pěti disciplínách 6. místo. Uskutečnila se také další letecká dovolená v Poličce, avšak počasí nebylo jejím účastníkům příznivě nakloněno. Závěrem sezóny se vypravila nemalá skupina medláneckých plachtařů pro nevšední zážitky na Ukrajinu do aeroklubu Rovno, aby si tak zpestřila létání v tomto roce.
Kolotoč plachtařských soutěží se v roce 1994 roztočil již 21. května, kdy začalo. I. Mistrovství ČR ve Vysokém Mýtě. Za Aeroklub Brno-Medlánky se jej zúčastnili Jiří Kupec, který skončil na 22. místě a Stanislav Kubíček, který se umístil na 32. místě. Jaroměřský aeroklub již tradičně uspořádal v období 16. – 30. 7. 1994 Mistrovství ČR žen, kde Radmila Fiľakovská vybojovala po deseti disciplínách 12. příčku. Na konci července uspořádala skupina medláneckých plachtařů další létání na Ukrajině. Nejlepšího výkonu dosáhl Jiří Kupec, který 21. 7. 1994 na větroni LAK-12 proletěl trať 760 km průměrnou rychlostí 87,7km/hod. Již třetí dovolenkový pobyt v Poličce se toho roku nesl v duchu větroňů veteránů M-28, LG-125 a LG-425 Šohaj a VT-109 Pionýr. Piloti se převážně přeškolovali a vychutnávali si termické létání v tomto koutu Českomoravské Vysočiny. Náš aeroklub se v Celostátní plachtařské soutěži umístil na 12. místě.
V roce 1995 se v období 1. – 15. 7. setkaly nejlepší plachtařky na Mistrovství ČR žen opět na letišti v Jaroměři, aby zde změřily své síly v pěti disciplínách. Medlánecká závodnice Radmila Fiľakovská zde obsadila 17. místo. Prvního Plachtařského mistrovství ČR dvousedadlových větroňů v Podhořanech se ve dnech 15. – 29. 7. 1995 účastnila posádka Jiří Klicnar – Zbyněk Zdráhal, která se umístila na 20. příčce a posádka Karel Kotlán – Ivo Dorazil, která skončila na 25. místě. Ve stejném termínu se uskutečnilo i II. Plachtařské mistrovství ČR v Jihlavě, na němž si zajistil účast z předcházejícího roku Jiří Kupec létající na větroni Cobra 15. Jeho 35. místo bylo na hranici možností použitého větroně, který ztrácel v závodním poli složeném výhradně z větroňů VSO-10 Vosa. Na Regionálních plachtařských závodech v Šumperku v termínu 29. 7. – 12. 8. 1995 skončili po osmi letových dnech Stanislav Kubíček na pěkném 3. místě a Gustav Vrbacký na 9. místě. V polovině srpna startoval na Mistrovství ČR juniorů v Křižanově Jaroslav Zavřel ml., který obsadil celkově 26. místo. Společným výsledkem všech pilotů aeroklubu bylo dobré 2. místo v Celostátní plachtařské soutěži.
Prvními závody s medláneckou účastí roku 1996 se staly Plachtařské závody regionu Morava v Šumperku od 13. 7 do 27. 7. Po sedmi disciplínách se na 9. příčce umístil Vojtěch Bartoš, další náš závodník Ivan Fiľakovský obsadil 21. místo. II. Mistrovství ČR dvousedadlových větroňů se účastnili Karel Kotlán spolu s Ivošem Dorazilem. Ve dnech 20. až 22. 7. 1996 panovalo nad naším územím počasí těch nejlepších plachtařských kvalit. Zkušený závodník Aeroklubu Brno-Medlánky Jiří Kupec dne 21. 7. 1996 (přesně 2 roky po své první ukrajinské 750 km) vybaven znalostmi, zkušenostmi a důvěrou v možnosti VSO-10 Vosa pokořil jako první medlánecký pilot a třetí pilot v republice na tomto typu větroně hranici 750 km. Na trati polygonu Medlánky – Medlánky přes otočné body Staňkov – Bouzov – Pelhřimov překonal vzdálenost 756,7 km průměrnou rychlostí 74,6 km/hod., za což získal 2 207 bodů v Celostátní plachtařské soutěži. V Jihlavě začalo 27. 7. 1996 III. Mistrovství ČR. V šesti disciplínách potvrdil 3. místem svou výbornou formu Jiří Kupec, Gustav Vrbacký skončil na 37. a Stanislav Kubíček na 48. místě. Na Mistrovství ČR juniorů v Křižanově skončili po sedmi odlétaných disciplínách piloti Jaroslav Zavřel ml. na 28. a Michal Šťastný na 30. místě. V Celostátní plachtařské soutěži se Aeroklub Brno-Medlánky pro tento rok umístil opět na 2. místě.
Rok 1997 patřil díky 43 325 km nalétaným na přeletech a počtu 127 splněných přeletů v medlánecké sportovní historii mezi ty úspěšnější. Prvním závodem této sezóny s medláneckou účastí bylo Mistrovství ČR juniorů v Šumperku konané ve dnech 28. 6. – 12. 7. 1997. Hrozivé záplavy, které v tom roce postihly naši republiku, přinutily organizátory zrušit soutěž po dvou disciplínách. Seriál plachtařských soutěží pokračoval v Podhořanech na III. mistrovství dvousedadlových větroňů, které se konalo ve dnech 12. – 26. 7. 1997. Vyzkoušená tradiční posádka Karel Kotlán a Ivo Dorazil obsadila po čtyřech bodovaných přeletech 17. místo. Čtvrtého Mistrovství ČR v Jihlavě se ve dnech 19. 7. – 2. 8. 1997 zúčastnili závodníci Jiří Kupec a Vojtěch Bartoš. První z nich obhajoval své výborné umístění z předcházejícího roku a nakonec po šesti disciplínách vybojoval 6. místo. Závodníci moravského regionu se tentokrát sešli 2. 8. na letišti v Křižanově, kde porovnali svou výkonnost v patrně nejlepším počasí této sezóny. Po jedenácti kvalitních disciplínách si titul vícemistra Moravy odnesl dobře létající Gustav Vrbacký, 6. místo patřilo Stanislavu Kubíčkovi a na 9. místě bodoval Ivan Fiľakovský. V Celostátní plachtařské soutěži byl Aeroklub Brno-Medlánky pro rok 1997 vyhodnocen jako 2. nejlepší. Výsledky byly však zkresleny faktem, že pilotům našeho aeroklubu nebyly uznány výkony dosažené na M-28 a LG-125 Šohaj, neboť podle plachtařské sportovní komise Aeroklubu České republiky, která výkony zpracovává, tyto větroně neměly stanovené koeficienty pro výpočet bodové hodnoty dosažených výkonů. Jednalo se celkem o 6 výkonů s hodnotou 4 006 bodů, jejichž absence připravila Aeroklub Brno-Medlánky o celkové vítězství v soutěži.
První závody roku 1998 byly zahájeny poměrně časně, a to již 22. května. Organizátorem V. Mistrovství ČR se stal Aeroklub Jaroměř. V deseti letových úkolech byl nejlepším medláneckým pilotem Jiří Kupec, který si vybojoval 8. místo, Stanislav Kubíček a Ivan Fiľakovský se postupně s každou disciplínou zlepšovali a skončili na 21. a 24. místě. Vrcholem této sezony u nás bylo X. Mistrovství Evropy v klubové třídě pořádané na letišti Jihlava ve dnech 27. 6 – 11. 7. 1998. Českou republiku reprezentoval, společně se sedmi dalšími piloty, medlánecký Jiří Kupec létající na větroni ASV-15b. V tak silné mezinárodní konkurenci se umístil na 41. místě. Významné zastoupení Aeroklubu Brno-Medlánky bylo na Mistrovství ČR juniorů v Jindřichově Hradci. Umístění mladých medláneckých pilotů – 17. místo Filipa Marka, 21. místo Roberta Čížkovského, 24. místo Radima Klabala a 35. místo Oldřicha Hlaváčka ml. – bylo příslibem do dalších let plachtění a závodění na Medlánkách. Plachtařského Mistrovství ČR žen pořádané ve Dvoře Králové se zúčastnila Radmila Fiľakovská, která dosáhla na 11. místo. Na regionálních závodech v Šumperku skončil pilot Jaroslav zavřel ml. na 30. místě. Po delší odmlce se dostal Aeroklub Brno-Medlánky opět na 1. místo žebříčku Celostátní plachtařské soutěže.
V následujících letech se Aeroklub Brno-Medlánky umístil v Celostátní plachtařské soutěži takto:
| Rok | Umístění | Počet bodujících pilotů | Počet výkonů | Celkový počet bodů |
| 1999 | 1. místo | 43 | 94 | 98 227 |
| 2000 | 2. místo | 12 | 33 | 38 245 |
| 2001 | 1. místo | 19 | 45 | * |
| 2002 | 3. místo | 22 | 55 | * |
| 2003 | 3. místo | 28 | 65 | 85 412 |
S nástupem moderních vysokovýkonných laminátových větroňů LAK17-18, JANUS, ASW15 nebo VSO-10 Vosa, se postupně prodloužily i délky přeletů a dosahované rychlosti na přeletech.
K nejhodnotnějším výkonům do roku 2003 patří:
| Jméno | Datum | Typ větroně | Úkol | Délka tratě v km | Rychlost v km/hod. | Body CPS |
| J. Kupec | 28. 6. 2003 | ASW15 | T2-600 | 656,0 | 89,37 | 2 712 |
| J. Kupec | 19. 7. 2003 | ASW15 | TF-500 | 516,6 | 93,36 | 2 591 |
| S. Kubíček | 28. 6. 2003 | LAK17-18 | T2-750 | 765,9 | 100,37 | 2 579 |
| D. Grula | 19. 7. 2003 | ASW15 | TF-500 | 516,4 | 90,67 | 2 530 |
| M. Poslužný | 28. 6. 2003 | LAK17-18 | T2-750 | 765,9 | 96,91 | 2 510 |
| J. Kupec | 25. 4. 2003 | ASW15 | P3-600 | 603,9 | 92,99 | 2 442 |
| D. Grula | 28. 7. 2003 | ASW15 | TF-500 | 515,1 | 83,98 | 2 376 |
| S. Kubíček | 20. 7. 2003 | LAK17-18 | P3-750 | 759,5 | 100,30 | 2 351 |
| J. Kupec | 22. 4. 2003 | ASW15 | P3-500 | 553,2 | 97,28 | 2 350 |
| J. Kupec | 3. 8. 2003 | ASW15 | T2-400 | 404,3 | 107,33 | 2 324 |